مؤسسة هينرش بُل هي أقدم شركاء مواطن. بدأت الشراكة منذ أوائل تسعينات القرن الماضي، واستمرت بعد انتقال مواطن إلى جامعة بيرزيت. على مدى السنوات، يعقد مؤتمر مواطن السنوي بالشراكة مع مؤسسة هينرش بُل. وساهمت هينرش بٌل في دعم الأبحاث والنشر في مواطن، وفي دعم المبادرة الطلابية "معمل الأفكار" التي يستضيفها معهد مواطن، وغيرها من النشاطات على مدى السنين.