بدأ التعاون بين معهد مواطن ومعهد العلوم السياسية في جامعة القديس يوسف (المعروفة بالجامعة اليسوعية) في بيروت سنة 2016 مع انتقال مقلا برنامج الماجستير العربي في الديمقراطية وحقوق الإنسان، الذي تشترك فيه عدة جامعات، من البندقية إلى بيروت. وقد وقعت الجامعتان اتفاقية تعاون وتبادل أكاديمي. وقد تزطدت أواصر العلاقة بين معهد مواطن ومعهد العلوم السياسية بشكل كبير منذ ذلك الحين